自然科学基金委与有关部门、地方政府和企业共同投入经费设立联合基金，目的是更好地发挥科学基金的导向作用，引导社会资源，共同资助若干特定领域和方向的基础研究。
联合基金面向国家需求和科学重点发展方向，吸引全国范围内科研人员在相关鼓励领域开展基础研究，解决关键科学问题，促进产学研合作，培养科学与技术人才，推动我国相关领域、行业（企业）或区域的自主创新能力的提升。
每年度的联合基金发布详见当年申报指南
联合基金是科学基金资助体系的组成部分，按照科学基金运行机制和相关管理规定遴选优秀项目予以资助及管理。联合基金项目形成的有关论文、专著、研究报告、软件、专利及鉴定、获奖、成果报道等，应注明“国家自然科学基金委员会-（联合资助方名称及联合基金名称）联合基金资助（项目批准号）”或作有关说明。
申请人应当按照本《指南》相关联合基金的要求和联合基金申请书撰写提纲撰写申请书。申请书的资助类别选择“联合基金项目”，亚类说明选择“培育项目”或“重点支持项目”或“本地优秀青年人才培养专项”，附注说明选择相应的联合基金名称。选择不准确或未选择的项目申请将不予受理。