“十二五”期间，自然科学基金委制定了开放合作战略，提出了鼓励广大科学家与世界一流科学家和科研机构开展广泛深入的国际（地区）合作与交流，继续推进实质性国际（地区）合作研究，促进我国更多学科领域进入国际前沿；积极推动中国科学家筹划和参与双（多）边科学合作，有效利用国际科技资源；加强中国科学界驾驭区域和全球科学合作的能力建设，推动战略型合作，提升我国基础研究创新能力的战略目标。
2013年，自然科学基金委国际（地区）合作资助工作将继续围绕科学基金的中心任务和“十二五”发展规划，坚持以交流型合作为基础，以实质性合作研究为重点，充分吸纳境外研究资源，进一步加强战略筹划和顶层设计，全面扎实地推进科学基金的国际（地区）合作。
2013年，科学基金将在持续扩大重大国际（地区）合作研究项目的资助规模的同时，着力提高项目的质量，完善项目的组织和实施，引导广大科研人员充分有效利用全球科技资源；充分发挥双(多)边协议渠道的重要作用，继续加强与境外基金组织的战略型合作，注重优化合作领域，统筹组织间合作研究项目资助格局，与境外资助机构共同资助实质性、高水平的合作研究项目；继续做好合作交流和在华召开学术会议项目的资助工作，鼓励和推动我国科学家建立和形成以我为主的国际（地区）合作研究网络；进一步完善外国青年学者研究基金项目的资助机制。